Methoden & Ausrüstung
Molekularbiologische Analysen mikrobieller Gemeinschaften
- kombinierte DNA/RNA Extraktion
- PCR und RT-PCR
- Quantifizierung von ribosomalen und funktionellen Genen durch Real-time PCR
- Klonierung
- DGGE und/oder SSCP
- T-RFLP
- 454 Pyrosequenzierung
- Sequenzierung und phylogenetische Zuordnung mit ARB
Zell-spezifische Analysen
- FISH oder CARD-FISH kombiniert mit einem Bildauswertesystem
- CARD-FISH in Kombination mit Mikroautoradiographie ("MICRO-CARD-FISH" oder "MAR-FISH")
- Durchflusszytometrie und Zellsortierung
- NanoSims
Analysen, die vom Wachstum der entsprechenden Organismen abhängen
- Anreicherungsexperimente mit natürlichen Gemeinschaften
- Kultivierung und Isolierung von Bakterien und Protozoen
Analysen zu mikrobiellen Aktivitäten
- Vergleich zwischen 16S Genen auf DNA- und RNA-Ebene
- stabile Isotopenbeprobung von Nucleinsäuren (RNA-SIP)
- bakterielle Produktion mittels 3H-Thymidin- und/oder 3H-Leucin-Aufnahme
- chemoautotrophe Produktion durch Inkorporation von 14C-Bikarbonat
- Umsetzungen im Stickstoffkreislauf (Nitrifikation, Denitrifikation) mittels 15N markiertem Ammonium und Nitrat