Im zehnten Jahr nach seiner Neugründung legte das IOW sein zweites Forschungsprogramm (2002 - 2012) vor. Es formuliert Forschungsfragen, an deren Beantwortung im Laufe von 10 Jahren schwerpunktmäßig gearbeitet werden soll. Es definiert die Schnittstellen der disziplinären Forschung, dient der Förderung sektionsübergreifender Forschungsprojekte und strukturiert die vergleichende Forschung außerhalb der Ostsee. Gleichzeitig bietet es Ansatzpunkte zu sich ergänzenden Forschungsaktivitäten in Kooperation mit nationalen und internationalen Partnerinstitutionen.