Für die Laufzeit des IOW-Forschungsprogrammes wurde die Beantwortung zweier Kernfragen als Ziel der Arbeiten beschrieben:

1. Inwieweit können empirisch belegte Veränderungen im Ökosystem Klimaschwankungen und/oder menschlichen Aktivitäten zugeordnet werden?
2. Welche Veränderungen lassen sich auf welchen Zeitskalen auf der Basis des heutigen Verständnisses progostizieren?

Die zur Beantwortung dieser Fragen durchgeführten Projekte lassen sich in drei Kategorien einordnen:

• Küstenänderungen auf langen Zeitskalen (Identifikation langfristiger natürlicher Trends vs. Störung durch anthropogene Eingriffe; Quantifizierung von morphodynamischen Küstenbildungsprozessen; Szenarienbildung unter Hinzuziehung prognostischer Klimamodelle)
• Veränderungen der biogeochemischen Stoffkreisläufe (Rekonstruktion der ökologischen "Zustände" der Ostsee während klimatischer Extreme; Bildung und Modifikation von proxies in der Wassersäule und während der Frühdiagenese im Sediment; Transport und Modifikation von Schadstoffen; Rekonstruktion von Schadstoffeinträgen)
• Variabilität der Artengemeinschaften (Untersuchungen zur Abhängigkeit der Dynamik der einzelnen Lebensstadien der wichtigsten Zooplankter von physikalischen Parametern und Prozessen; Ursachen der Veränderungen der Phytoplanktonzusammensetzung bei der Frühjahrsblüte; Erfassung von Faktoren, die Einfluss auf die Diversität benthischer Organismen haben)

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