Im Forschungsschwerpunkt 2 (FS 2) des IOW werden Erkenntnisse über einzelne Prozesse in einen großen beckenweiten Zusammenhang gestellt. Ziel ist, die heutige Dynamik des Systems Ostsee durch Beobachtungen und Experimente zu untersuchen und im Computermodell möglichst realistisch nachzubilden.

Um ein möglichst hochauflösendes, dreidimensionales Bild der Wasserbewegungen in der Ostsee zu erhalten, setzen die WissenschaftlerInnen auf regelmäßige Ausfahrten mit hochmodernen geschleppten Messgeräten. Die Bestimmung der Artenvielfalt im gesamten Ostseebecken und die Veränderungen entlang der Gradienten werden mit deutlichem Schwerpunkt auf dem Makrobenthos und den mikrobiologischen Gemeinschaften am Boden und in der Wassersäule durchgeführt.

Mithilfe der Daten zu Wasserzirkulation und zur Rolle der Organismen kann der Weg wichtiger Nähr- und Schadstoffe durch das Meer und die Nahrungskette nachvollzogen werden. So lässt sich bestimmen, wie viel von ihnen wie ins Meer gelangt, wie viel das System wieder verlässt und wie sie auf ihrer Reise umgeformt werden. Am Ende steht dann eine beckenweite Gesamtbilanz.

Die in der Ostsee auf engstem Raum wechselnden Umweltbedingungen bieten außerdem hervorragende Bedingungen für Vergleichsstudien: Was die WissenschaftlerInnen vor ihrer Haustür herausfinden, hat weltweiten Vorbildcharakter für andere Küsten- und Randmeere wie das Schwarze Meer, das Südchinesische Meer oder das Benguela-Auftriebssystem im Atlantik vor der westafrikanischen Küste.