Im Rahmen des Projekts BenthQual wird einerseits eine umfassende Referenzbibliothek des Markergens Cytochrom c Oxidase I (COI) für das Makrozoobenthos der Ostsee erstellt. Die Referenzbibliothek wird die Gesamtheit aller bekannten Arten des Makrozoobenthos in der Ostsee umfassen (inklusive Neobiota). Mit Hilfe des COI-Gens werden präzise genetische Informationen bereitgestellt, die es ermöglichen, Arten zuverlässig zu identifizieren. Auch juvenile Stadien und Eier können mit Hilfe dieser Bibliothek eindeutig einer Spezies zugeordnet werden, was die Effizienz und Genauigkeit der Artenidentifikation im Monitoring zukünftig verbessern kann. 
Andererseits werden im Rahmen des Projekts auch testweise Metabarcoding-Analysen durchgeführt, um die Anwendbarkeit dieser Methoden zur Erfassung der Biodiversität im benthischen Lebensraum zu evaluieren und die Referenzbibliothek zu überprüfen. 
Insgesamt wird dieses Projekt nicht nur zur Erweiterung des Monitorings der marinen Biodiversität in der Ostsee beitragen, sondern auch wichtige Erkenntnisse und Vorteile für den Naturschutz liefern, wie Früherkennung von eingeschleppten Arten, langfristige Überwachung der Biodiversität, minimale Störung, Kosteneffizienz und die Erfassung von schwer nachweisbaren Arten. Die Ergebnisse des Projekts werden in wissenschaftlichen Publikationen und internationalen Datenbanken veröffentlicht, um die Nutzung der Referenzbibliothek in der Forschung und im Naturschutz zu fördern.